Научный комплекс Республики Коми является одним из самых развитых среди регионов России. Еще в начале ХХ столетия на территории Республики Коми работали многочисленные научные экспедиции по изучению природных богатств Печорского края и возможностей их использования. Самым первым региональным научным учреждением Российской академии наук была Печорская естественно-историческая станция в Усть-Цильме, основанная еще в 1906г.
Первое научное общество – Общество изучения Коми края - было организовано в Сыктывкаре в 1922 г. с целью всестороннего изучения Коми области. Природные ресурсы края привлекли внимание многочисленных исследовательских центров. Наряду с десятком различных экспедиций и исследовательских групп, которые работали на территории республики, Общество подготовило базу для широкого развертывания научных исследований. Общество изучения Коми края внесло выдающийся вклад в организацию научных разработок в гуманитарной сфере.
В 30-е годы начинаются планомерные академические исследования на территории Республики Коми. В целях развития исследовательской работы в области истории, коми языка, литературы, сельского хозяйства и геологии в 1934г. в Сыктывкаре создается Коми научно-исследовательский институт.
Таким образом, уже в первые два десятилетия развития Коми автономии были достигнуты важные результаты в изучении истории и культуры коми народа, а научные исследования природных ресурсов заложили основы создания нефтяной и угольной отраслей промышленности. Их развитие прочно связано с именами таких видных исследователей Севера как А.А.Чернов и Г.А.Чернов, В.А.Варсанофьева и другие.
1944г. на базе эвакуированных в Сыктывкар Кольской и Северной баз АН СССР была организована База АН СССР в Коми АССР. Создание Базы способствовало быстрому вовлечению в хозяйственный оборот богатых природных ресурсов, а также решению фундаментальных задач теоретического и прикладного характера. В ее составе были два отдела: геологический и биологический, а также сектор гидрологии и гидробиологии. Позднее в ее состав вошли Отдел языка, письменности и истории коми народа и Выльгортский плодопитомник, преобразованный в Научно-экспериментальный пункт.
ь В 1949 г. Коми база АН СССР была преобразована в Коми филиал АН СССР. В 1958 г. был образован первый институт – Институт геологии в составе двух секторов, шести лабораторий и геологического музея. В этом же году предложено организовать Отдел химии и Отдел энергетики и водного хозяйства. В 1956-1957 гг. произошло объединение экономистов филиала в Отдел экономики. В 1962 г. был образован Институт биологии в составе десяти лабораторий, в 1970 г. создается Институт языка, литературы и истории на базе отделов гуманитарного направления.
В 1987 г. в связи с образованием Уральского и Дальневосточного отделений АН СССР, Коми филиал был преобразован в Коми научный центр Уральского отделения АН СССР. Годом позже в 1988 г. в составе Коми научного центра были организованы новые институты: Институт экономических и социальных проблем Севера и Институт физиологии.
С 1991 г. в связи с преобразованием Академии наук СССР в Российскую академию наук Коми научный центр стал именоваться Коми научным центром Уральского отделения Российской академии наук. В 1992 г. в составе Коми НЦ УрО РАН был образован Отдел математики, а в 1996 - Институт химии. В 1999 г. Институт экономических и социальных проблем Севера совместно с Отделом энергетики образовали Институт социально-экономических и энергетических проблем Севера.
Сегодня Коми научный центр объединяет семь институтов: Институт геологии им. академика Н.П. Юшкина, Институт биологии, Институт химии, Институт физиологии, Институт языка, литературы и истории, Институт социально-экономических и энергетических проблем Севера, Институт аргобиотехнологий им. А.В. Журавского, Физико-математический институт, Отдел сравнительной кардиологии и Отдел гуманитарных междисциплинарных исследований; имеет свою издательскую базу, научную библиотеку, музеи геологии, биологии, археологии и собственную социальную инфраструктуру.
В Коми научном центре работают широко известные научные школы академиков Н.П.Юшкина по минералогии, М.П.Рощевского по экологической физиологии, Ю.С.Оводова по молекулярной иммунологии и биотехнологии. Активно развивается школа академика А.М.Асхабова.
Проводимые в институтах Коми НЦ УрО РАН фундаментальные и прикладные исследования служат основой инновационного развития, в первую очередь, в природно-ресурсных отраслях хозяйства. Дальнейший план развития Коми научного центра предусматривает существенное расширение исследований в области физико-математических наук, биохимии и комплексного геосистемного анализа, создание при институтах инновационных центров и малых инновационных предприятий, строительство новых корпусов и стационаров.
В 2018 году Коми научный центр вступил в процесс создания Федерального исследовательского центра «Коми научный центр Уральского отделения Российской академии наук» на базе научных организаций, подведомственных ФАНО России и расположенных на территории Республики Коми. 
С 2016 года временно исполняющим обязанности председателя Коми научного центра УрО РАН (с 13 июня 2018 года по июль 2019 года - временно исполняющий обязанности директора ФИЦ Коми НЦ УрО РАН) являлся д.б.н. Владимир Витальевич Володин. В связи с тем, что Центр находился в процессе выборов, временное исполнение обязанностей директора с 26 июля 2019 года Приказом Минобрнауки России возложено на врио первого заместителя директора к.и.н. Алексея Викторовича Самарина.
Согласно Приказу Минобрнауки России № 10-3/351 п-о от 05.08.2021 года исполняющим обязанности директора Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Федеральный исследовательский центр «Коми научный центр Уральского отделения Российской академии наук» c 10 августа 2021 года назначен доктор экономических наук, профессор Андрей Геннадьевич Шеломенцев.
15 июня 2022 года член-корреспондент РАН, доктор биологических наук Светлана Владимировна Дёгтева одержала победу на выборах директора ФИЦ Коми НЦ УрО РАН, набрав большинство голосов сотрудников Центра. Согласно Приказу Минобрнауки России № 10-3/230 п-о от 5 сентября 2022 года Светлана Владимировна утверждена на должность директора ФИЦ Коми НЦ УрО РАН сроком на 5 лет.