Рейтинг: 0 / 5
Интервью с А.М. Шадриным, научным сотрудником Института биологии о приобретенном генетическом анализаторе ДНК Нанофор 05:
- Какие новые возможности открываются для вас как для исследователя с приобретением данного оборудования?
Генетический анализатор ДНК Нанофор 05 - это первый серийный генетический анализатор последовательностей ДНК открытого типа произведенный в России, был приобретен нам в конце 2020 года. Данный прибор позволяет провести прочтение коротких нуклеотидных последовательностей ДНК (секвенирование ДНК) и фрагментный анализ ДНК (AFLP, SSR, ISSR). Проведение исследований с применением данных методов для решения задач в области молекулярной филогенетики и эволюции, а также идентификации биологических видов на оборудовании данного типа давно стало рутиной. Поэтому не могу сказать, что данное оборудование позволило открыть для нас новые возможности, но позволило нам уйти от необходимости заказывать анализ в сторонних организациях. И это для нас очень важно, так как крайне затруднительно выполнять фрагментный анализ ДНК на стороне. Потому что условия проведения фрагментного анализа ДНК для каждой группы образцов подбираются индивидуально и на месте. Кроме того, гораздо проще проводить повторные анализы на своем приборе, если потребуется перепроверка. И если рассматривать с этой точки зрения, то несомненно какие-то возможности у нас появились.
- Какие исследования вы планируете проводить на данном оборудовании?
На данном оборудовании уже проводятся исследования, в которых стоит задача по определению нуклеотидной последовательности ДНК. Нередко в исследовании флоры и фауны возникают задачи по определению видовой принадлежности объектов растительного и животного происхождения, которые затруднительно определить с использованием традиционных методов таксономии. В этом случае как раз приходят на помощь современные методы, такие как, например метод ДНК-штрихкодирования, который позволяет идентифицировать объект на основании сравнения короткой последовательности ДНК. Эту последовательность ДНК «читают» именно на генетическом анализаторе. Часть исследований, которые также невозможно выполнить без этапа требующего использование генетического анализатора, посвящены молекулярно-филогенетическому анализу бактерий, грибов, растений и животных. Данный анализ также предполагает получение и прочтение последовательностей ДНК.
- Насколько данное оборудование является передовым в вашей исследовательской сфере?
Да, можно сказать, что данное оборудование в нашей исследовательской сфере является передовым, и не только потому, что Нанофор 05 это первая в России и последняя в мире серийная модель генетического анализатора подобного типа, но и потому, что только на таком типе оборудования можно качественно прочитать нуклеотидную последовательность ДНК длиной до 900 пар оснований, а иногда и более. В отличие от зарубежных аналогов, повторюсь, данный прибор является открытой системой, а это означает что мы можем изменять некоторые параметры подстраивая систему под свои образцы.
- Успели ли Вы провести какие-то работы на данном приборе, есть ли какие-то результаты?
Да, за прошедший год мы успели провести ряд исследований на генетическом анализаторе. Исследования были посвящены идентификации образцов растительного и животного происхождения, а также проведению молекулярно-филогенетического анализа. Большая часть результатов анализируется, но есть результаты, которые направлены к настоящему времени в печать.
- Относится ли данное оборудование к ЦКП?
Да, данное оборудование относиться к ЦКП, а именно к ЦКП «Молекулярная биология» Института Биологии ФИЦ Коми НЦ УрО РАН.
- Есть ли какие-либо заказы от научных организаций на использование данного оборудования?
В настоящее время большинство заявок на проведение анализа на генетическом анализаторе поступает от обособленных подразделений ФИЦ Коми НЦ УрО РАН, но также имеются заявки в рамках выполнения квалификационных работ студентами от Сыктывкарского государственного университета им Питирима Сорокина.
- Проводятся ли хоздоговорные работы на данном оборудовании и для организаций какого профиля?
В настоящее время хоздоговорных работ на данном оборудовании не проводится, но часть заявок выполняется за счет средств грантов РФФИ и РНФ.
